Ainda na sala de espera, um profissional da enfermagem faz uma entrevista e oferece ao paciente uma medicação líquida para diminuir os gases após o exame e retirar a espuma que recobre o estômago, facilitando o exame.
Na sequência, o paciente é acomodado em uma maca, deitado sobre seu lado esquerdo, e recebe uma medicação em spray na garganta. Trata-se de um anestésico local que deixa a região dormente e diminui as náuseas. Utiliza-se também um sedativo aplicado pela veia que ajuda a relaxar e, na maioria das vezes, a dormir durante o exame.
A sedação é sempre aplicada pelo médico, que observa e monitora a frequência cardíaca e o nível de oxigênio do sangue por meio de aparelhos.
Feito isso, uma peça oca é colocada na boca do paciente. Através dela, o endoscópio é introduzido pela garganta até o esôfago, o estômago e o duodeno.
O endoscópio não prejudica a respiração, mas é possível que ocorram náuseas, que melhoram depois que o aparelho passou pela garganta.
Para analisar o estômago adequadamente, é necessário que ele esteja cheio de ar. Por conta disso, o endoscópio insufla ar nesta região e pode causar a sensação de peso e vontade de arrotar.
Um exame comum dura menos de dez minutos e é muito bem tolerado pela maioria das pessoas.