Em uma sala apropriada, o paciente é posicionado confortavelmente sobre a maca, deitado sobre o seu lado esquerdo.
Em seguida, ele recebe uma punção na veia para administração de sedativos e analgésicos, bem como a monitorização cardíaca por meio de eletrodos posicionados no tórax e a medição da pressão arterial e da concentração de oxigênio no sangue (não invasiva).
O exame tem início com a introdução do aparelho pelo ânus. É necessário injetar pequenas quantidades de ar no intestino durante a realização do exame, o que pode causar um desconforto em forma de cólica. Ao término do procedimento, o ar é aspirado, melhorando, assim, o desconforto.
Durante o exame, pode ser necessária a mudança de posicionamento, e o paciente pode terminar o exame deitado sobre as costas.